Ochrona lasu to szerokie pojęcie obejmujące pełen wachlarz elementów składowych ekosystemu leśnego. Ten skomplikowany system narażony jest na szereg czynników, które podzielono na abiotyczne (zagrożenia ze strony przyrody nieożywionej tj. wiatr, okiść, mróz, susze), biotyczne (zagrożenia powodowane przez zwierzęta, owady, grzyby) oraz czynniki antropogeniczne, których przyczyną jest bezpośrednio człowiek.

Stan zdrowotny drzewostanów nadleśnictwa jest zróżnicowany, ale ogólnie dobry. Także stan sanitarny oceniany jest jako dobry.

Zagrożenia abiotyczne
Powtarzające się chronicznie szkody od wiatru (złomy, wywroty) i śniegu (okiść) występują z reguły w formie rozproszonej, mają charakter pojedynczy, co najwyżej grupowy. Obniżona podatność starszych drzewostanów na szkody od wiatru i śniegu związana jest z występowaniem raków na strzałach (jodła), zgnilizn odziomkowych i wewnętrznych strzał i kłód wywołanych obecnością hub pniowych (buk, jodła).

Przymrozki najbardziej zagrażają produkcji szkółkarskiej i sztucznie zakładanym uprawom. Późne przymrozki bywają przyczyną uszkodzeń aparatu asymilacyjnego drzewostanów liściastych, szczególnie bukowych, rosnących w dolinach i obniżeniach terenowych. Silne mrozy powodują liczne pęknięcia i listwy mrozowe w drzewostanach liściastych, trwale obniżając wartość surowca drzewnego.

Dłuższe okresy suszy i związane z nimi obniżenie poziomu wód gruntowych mają lokalnie niekorzystny wpływ na fizjologiczne procesy gospodarki wodnej drzew, prowadząc do okresowego osłabienia drzewostanów, np. bukowych, olszowych.  

Zagrożenia biotyczne
Zasadniczym problemem ochronnym nadleśnictwa Ustrzyki Dolne są szkody wyrządzane w odnowieniach podokapowych (uprawy i młodniki) przez zwierzynę płową (jeleń, sarna). Z danych inwentaryzacyjnych wynika, że przeważają szkody gospodarczo znośne (do 20%), a istotne (powyżej 20%) stanowią około 5% odnowień podokapowych (zostały zakwalifikowane do podszytu). Największa koncentracja szkód uwidacznia się w leśnictwach: Serednica, Rabe, Zawadka, Stefkowa, Ustianowa, Bandrów. Szkody te występują głównie w uprawach podokapowych, gdzie następuje zgryzanie i wydeptywanie sadzonek, a w młodnikach oraz w drzewostanach jodłowych i świerkowych - spałowanie.

Grzyby korzeniowe (opieńkowa zgnilizna korzeni, korzeniowiec wieloletni), występują w rozproszeniu – głównie w drzewostanach na gruntach porolnych (sosna, świerk) oraz w drzewostanach bukowych i jodłowych starszych klas wieku i niektórych drzewostanach olszy szarej. Lokalne znaczenie ma występowanie hub pniowych (jodła, buk) oraz raka jodły, które wpływają istotnie na upodatnienie fragmentów drzewostanów na niekorzystne oddziaływanie czynników abiotycznych (złomy). Jawor lokalnie podatny jest na infekcje gruzełka cynobrowego. Nie ustąpiła choroba polegająca na zamieraniu jesionu.

Na terenie nadleśnictwa zagrożenie ze strony szkodników pierwotnych jest znikome. Zagrożenie od szkodników wtórnych sosny (cetyńce, smolik) jest niewielkie, jedynie przy większych szkodach od wiatru i śniegu lokalnie może wzrastać. Większe zagrożenie mogą stanowić szkodniki wtórne świerka (zespół kornika drukarza, rytownik pospolity) oraz szkodniki wtórne jesionu (jesionowiec pstry, jesionowiec rdzawy). Drzewostany na gruntach porolnych (10062,63 ha) stanowią 43,0% powierzchni leśnej zalesionej. Znaczny udział tych drzewostanów ma wpływ na obniżenie stanu zdrowotnego i sanitarnego lasu.